山东三株发酵中药研究院成立于2019年。发酵中药这条科技科学之路，三株已经走过28年。研究院前身基础是三株益生菌共生研究所、三株益生菌共生发酵中药研究所、世界中医药学会联合会中药（天然药物）发酵研究专业委员会。
山东三株发酵中药研究院主要研究：发酵中药制剂（包含菌体、菌体代谢物、原有效药效成分和菌体代谢药物产生的新的药效成分、营养成分等）调节人体肠道菌群平衡提高免疫力和发酵工艺、质量标准、药理药效、毒理及临床应用等方面，来探索人体运动过程及外部环境变化关系的知识和技术，从而更有利于人体健康和康复。发酵中药学是研究这一过程的学问。
一、三株基础理论科研、临床科研和应用科研产品开发，均已转化为消费社会生产力。在这一领域，三株至今仍处在世界领先地位。
国内外研究证实，人体细胞有100万亿个，而人体微生态细胞（微生物）有1000万亿个，是人体的10倍。人体细胞与微生物细胞是共生的共同体。微生物（微生态）参与了人体新陈代谢过程的物质流、能量流、信息流的全过程。
二、人体肠道微生态平衡与人体健康有着密切的关系。2019年9月6日，美国《细胞》杂志以封面文章的形式，发表了来自Weizman科学研究所的研究报告。研究者们采用内窥镜样品，分析常用补充益生菌的健康人群肠道内定殖的菌群，发现部分受试者消化道黏膜和腔内的菌群组成居然没有显著变化！
我们都知道，肠道菌群紊乱是个大问题，可能关联到肥胖、感染、自身免疫疾病等慢性疾病。这也就意味着，我们吃下去的益生菌首先不一定能够安稳地住下来，其次住下来了还有可能扰乱原有的肠道微生物组成，反而不“益生”了！因此，通过服用益生元类的食物，促进内源性益生菌的生长，可能是维持人体微生态平衡更有效的方法。
卫生部认可的定义观点：微生态制剂的有效成分是活菌、死菌及代谢产物。微生态制剂的作用：一是调整微生态和酶的平衡，二是提高免疫功能。
中医理论：肾是先天之本，脾胃是后天之本。脾胃是指消化系统。微生态学说，东西方共同认识，肠道菌群平衡与人体健康有重要的直接关系。
三、三株益生菌共生和三株益生菌共生发酵中药专利技术，已获得国内外专利32项，已申请专利56项。其中国际专利有：欧共体、日本、韩国，美国（进入美国国家阶段，现在一审中）。
四、发酵中药专利产品——扶正散结合剂（赋新康）（内含21味抗癌中药），获得山东省科技进步二等奖，国家重点新产品证书，同时获得国家五部委火炬计划产品，同时又获得中国、欧共体、日本、韩国专利。
